Общественная некоммерческая ассоциация Федерация баскетбола Республики Молдова образована на учредительной конференции 11 ноября 1993 года. Зарегистрирована в министерстве Юстиции РМ 22 июля 1994 года под № 364. В том же году вошла в состав ФИБА.

В период первых десяти лет деятельности федерации женская национальная команда удачно выступала на двух чемпионатах Европы, юношеская команда стала чемпионом Европы среди малых стран.

Однако уже к концу 2004 года федерация практически перестала существовать.  Так и не была начата организаторская работа, первичных организаций, не уделялось внимание работе детско – юношеских спортивных школ и баскетбольных клубов. В стране проводился лишь чемпионат мужских команд, международные связи в том числе с ФИБА были потеряны.

В декабре 2004 года на отчетно – выборном собрании был принят модернизированный устав и полностью переизбрано руководство федерации. В течении последующих 8 лет были заново установлены связи С ФИБА, совместно с ФИБА, НОК, Министерством образования и Агентством спорта была принята программа развития баскетбола до 2012 года, произведено переоснащение баскетбольным оборудованием 12 центров, организован чемпионат женских команд, соревнования на Кубок Республики Молдова, детско –юношеские чемпионаты 12,14,16 и 18 лет. Ежегодно команды Республики Молдова стали выступать на чемпионатах малых стран и чемпионатах Европы дивизии С. За этот период в чемпионатах Европы приняли участие 15 команд, ими было завоёвано 8 комплектов медалей.

С 2013 года после отчётно – выборной конференции начал бурно развиваться кризис руководства федерации. Её новым президентом были проигнорированы принципы коллегиального руководства, не выполнены решения Федерального бюро и Тренерского совета, совершены грубейшие нарушения устава и финансово – хозяйственной деятельности. В 2015 году Бюро выразило недоверие президенту федерации и предложило ему уйти в отставку. Его отказ и сопротивление   подельников не позволили оперативно провести отчётно выборное собрание, которое удалось собрать только через год. 

Лишь с конца 2016 года федерации удалось вернуться в правовое поле и приступить к восстановлению утерянных позиций. Организовать участие 20 команд в чемпионате Европы, восстановить внутренний чемпионат, наладить тесные связи развития с ФИБА, регулярно проводить чемпионаты Европы в Республике Молдова.

В 2020 году проведено очередное отчётно – выборное собрание членов Федерации, утверждены программа развития, модернизированный пакет регламентирующих документов официальных соревнований по баскетболу.

На сегодняшний день Федерация Молдовы продолжает искать новые источники финансирования и новых партнеров для развития баскетбола в Республике Молдова.